Virus

Bloquant sur l'élaboration d'un virus à destination du Cortex, Jérémy décide de faire appel à Laura, la petite génie de l'école, qui se passionne de physique quantique. C'est un succès, Laura permet à Jérémy d'élaborer un virus. Comme prévu à l'unanimité, nos héros opèrent alors un retour dans le temps pour effacer de la mémoire de Laura tous les souvenirs liés à Lyoko. Puis, ils filent tester leur virus sur le Cortex. Seulement, le retour dans le temps n'a pas marché, Laura a des flashs et finit par se souvenir de tout !
Nos héros se retrouvent donc obligés de l'intégrer dans le groupe. Par ailleurs, cette aventure permet à nos héros de découvrir que le Cortex n'est pas la réplique exacte de Lyoko, rendant inopérant le virus qu'ils avaient mis au point, et en plus de nouvelles créatures ont fait leur apparition dans le coeur du Cortex : les Ninjas !